Das eine Ende des Katheters wird mit dem Stuhlauffangbeutel verbunden. Am anderen Ende des Rektalkatheters befindet sich der Retentionsballon. Der entlüftete Retentionsballon und dieses Katheterende werden mit Gleitgel bestrichen und durch den Anus eingeführt. Vorher sollte jedoch untersucht werden, dass sich im Mastdarm des Patienten keine Hindernisse befinden und dass dieser frei von Stuhl ist.
Der Retentionsballon wird nun über den Anschluss mit Wasser gefüllt. So wird der Katheter optimal im Rektum platziert und begünstigt, dass Stuhl in den Katheter abläuft und nicht um ihn herum austritt. Nichtsdestotrotz wird empfohlen, eine aufsaugende Inkontinenzvorlage unter den Patienten zu legen.
Stuhldrainage-Systeme funktionieren am besten bei flüssigem Stuhl. Sollte der Katheter jedoch durch festere Stuhlteile verstopft sein, so kann dieser mit zimmerwarmem Leitungswasser gespült werden, um wieder einen ungestörten Stuhlabfluss durch das Darmrohr zu ermöglichen.
Der Auffangbeutel wird z.B. am unteren Bettrahmen befestigt, so dass er sich unterhalb des Rektums des Patienten befindet und so ein Stuhlabfluss ermöglicht wird. Der Schlauch sollte dabei nicht verdreht, geknickt oder eingeklemmt sein.